Mokestis prie pajamų šaltinio nuo palūkanų mokamas tuomet, kai palūkanos išmokamos.
Apmokestinant palūkanas taikomas pinigų apskaitos principas, todėl palūkanas galima išmokėti ir 2010 m. Šis žingsnis nepadidins įmonės apmokestinamojo pelno 2009 m. Jei užsienio įmonė Lietuvos bendrovei išrašo sąskaitą už palūkanas 2009 m., šis žingsnis jau mažina Lietuvos įmonės pelno mokestį 2009 m, nors Lietuvos įmonė jokių palūkanų ir mokesčių prie pajamų šaltinio dar nesumokėjo. Todėl mokant palūkanas į užsienį po 2010 m. sausio 1 d. nulinį mokestį prie pajamų šaltinio galima taikyti net už praeityje sukauptas, tačiau neišmokėtas palūkanas.
Mokestis, mokamas nuo į užsienį išmokamų palūkanų, mažėjo ir šiemet. Nuo 2009 m. liepos 1 d. šis mokestis sumažės nuo 10% iki 5%. Nuo 2009 m. liepos 1 d. palūkanos išmokamos į užsienį apmokestinamos 5% mokesčiu, jeigu jos mokamos įmonei ES rezidentei. Be to, ši bendrovė turi ne mažiau kaip dvejus metus valdyti ne mažiau kaip 25% bendrovės, iš kurios gauna palūkanas, akcijų. Lietuvos įmonė turi turėti dokumentus, įrodančius, kad tenkinami anksčiau nurodyti kriterijai, kitaip nebus leista taikyti 5% tarifo.
Nuo 2010 m. į užsienį išmokamos palūkanos neapmokestinamos, jeigu palūkanų gavėjai yra įregistruoti Europos ekonominės erdvės valstybėje arba valstybėje, su kuria sudaryta ir taikoma dvigubo apmokestinimo išvengimo sutartis. Kitais atvejais mokamos palūkanos ir toliau liks apmokestinamos 10% mokesčiu prie pajamų šaltinio.